La función básica del aparato digestivo es la transferencia de nutrientes del medio externo al medio interno, con el objeto de que las células del organismo dispongan de moléculas que permitan su mantenimiento metabólico y su restauración.

Los nutrientes accesibles al organismo pueden ser de muy diferente naturaleza y tamaño. Los que son de pequeño tamaño pueden ser absorbidos sin experimentar ningún cambio; mientras que los que presentan un gran tamaño han de pasar previamente por un proceso de fraccionamiento o rotura que recibe el nombre de digestión.

El aparato digestivo no es un sistema excretor, ya que la mayoría de los productos que salen del mismo, las heces, corresponde a material no absorbido, a bacterias y a células degradadas del propio aparato digestivo.